Michael Emerson s-a născut pe 7 septembrie 1954, în Iowa. În 1976, după ce termină Drake University, unde studiază teatrul și arta, se mută la New York. Negăsind de lucru ca actor, lucrează în retail și ca grafician liber-profesionist. În 1986, împreună cu prima sa soție, se mută în Florida, unde între 1986 și 1993, apare în producțiile locale ale teatrului din Jacksonville și The Players By The Sea, dar lucrează și ca profesor la Flagler College. În 1995, după terminarea MFA (Master of Fine Arts) la University of Alabama, se întoarce la New York, unde participă la Alabama Shakespeare Festival. În 1997, obține primul său rol principal, acela al lui Oscar Wilde, în piesa lui Moises Kaufman, Gross Indecency: The Three Trials of Oscar Wilde. Atât piesa, cât și interpretarea sa, primesc numeroase critici pozitive. Urmează o serie de piese ca Le Misanthrope (1998), unde joacă alături de Uma Thurman; Iceman Cometh (1999), alături de Kevin Spacey; Give Me Your Answer (1999) sau Hedda Gabler (2000). În timp ce juca în piesa Hamlet, o cunoaște pe cea care avea sa îi devină soție, actrița Carrie Preston. Apar împreună în mai multe filme: Straight Jacket (2004), Ready?Ok (2008), iar în Lost,Prestonapare în episodul The Man Behind The Curtain, fiind mama personajului Benjamin Linus din secvențele de flashback. În septembrie 2001 câștigă premiul Emmy pentru Outstanding Guest Actor în a Drama Series, pentru rolul criminalului în serie William Hinks, în The Practice (2000). După prestația sa din The Practice, producătorii serialului Lost și l-au dorit foarte mult în rolul enigmaticului Henry Gale, care s-a dovedit a fi de fapt Benjamin Linus. La început, rolul său trebuia să fie unul mic, pentru câteva episoade. Dar s-a întors ca personaj principal la începutul sezonului 3, devenind antagonistul principal. Personajul i-a adus notorietatea mult așteptată, fiind foarte apreciat atât de public, cât și de critici. Pentru acest rol, Michael Emerson a fost nominalizat de trei ori consecutiv la Emmy, premiu ce avea să îl câștige în 2009, și la Golden Globe in 2009. În 2010, trebuia sa apară într-un serial ce urma să fie produs de J.J.Abrams, Odd Jobs, alături de fostul său coleg de pe platourile de filmare de la Lost, Terry O’Quinn. Din păcate, proiectul nu s-a materializat. Dar în septembrie 2011, debutează la CBS un nou serial, în regia lui J.J. Abrams și Jonathan Nolan, Person of Interest. Michael Emerson este Harold Finch, un geniu milionar, care împreună cu un fost agent CIA, John Reese (Jim Caviezel), încearcă să combată criminalitatea în New York. Potrivit CBS, Person of Interest a avut cele mai mari rating-uri ale unui serial dramă din ultimii 15 ani, ceea ce i-a determinat să îi mute ora de transmitere vinerea seara, luându-i locul celebrului CSI, care ocupa același loc în grila lor de programe, în ultimii zece ani. Este vocea lui Joker în animația The Dark Knight Returns Part 1 and Part 2, și narator pentru Lost: A Tale of Survival, Lost: Past, Present and Future și Lost: A Journey in Time. Michael este un susținător al asociațiilor caritabile care au legătură cu comunitatea teatrală: Actors Fund, Broadway Cares, Off-Off Broadway.